Das Priesterseminar St. Johannes der Täufer wird unter der Autorität des Erzbischofs geleitet vom Regens. Er ist für alle Angelegenheiten der Ausbildung zuständig und vertritt das Seminar nach innen wie nach außen. Ihm steht der Subregens zur Seite, der im Vertretungsfall die Aufgaben des Regens übernimmt.

Für die geistliche Ausbildung unmittelbar dem Erzbischof gegenüber verantwortlich ist der Spiritual. Er bestimmt die Inhalte und Formen der spirituellen Formation; er gehört zum Seminarkollegium, aber nicht zur Ausbildungsleitung.

In weiteren wichtigen Funktionen sind die Dozentinnen und Dozenten für Liturgik und Kirchenmusik, für Homiletik und Religionspädgogik sowie für Sprecherziehung und Stimmbildung tätig.

Die Geschäftsführerin verantwortet Bau- und Finanzverwaltung sowie das Personalwesen der Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter des Seminar.